Après 17 années de présidence, Louis Fonteneau s'efface en 1986 et est remplacé par Max Bouyer.
Le jeune chef d’entreprise se heurte rapidement aux dures réalités économiques qui lui imposent de laisser partir ses joueurs cadres...
Après avoir frôlé la relégation administrative en 1992, le FC Nantes Atlantique, sous l’autorité de Guy Scherrer, emporte son 7ème titre de Champion de France, et participe à sa 2ème demi-finale européenne.
Mais cette belle page se tourne avec le départ de Guy Scherrer, puis celui de Jean-Claude Suaudeau, lassé de voir ses meilleurs joueurs partir chaque année pour des raisons financières.